行政院農業委員會苗栗區農業改良場與國立嘉義大學植物醫學系合作開發芋球莖軟腐病原PCR分子檢測技術，目前已可自土壤及植體中檢測軟腐真菌及細菌，廣泛應用於芋田之土壤檢測，可避開病原密度較高之田區以降低日後罹病風險。

苗栗場表示，苗栗縣為國內芋頭第二大產區，以公館鄉種植445公頃居全臺之冠，因採收期較晚，使得質地更佳、香氣濃郁。近年來芋田軟腐病發生嚴重且尚無有效藥劑可供防治，選用健康種苗及事前做好土壤病原菌檢測是最佳策略，可降低病害發生率。苗栗場與嘉大自107年開始合作，經長期研究分析確認造成芋球莖軟腐之病原分為真菌性及細菌性，但現階段仍無法由外觀病徵明確區分，以致採行妥適防治策略更為困難。

苗栗場進一步指出，利用抽取罹病組織或田間土樣的總量DNA，進行PCR分子檢測可快速確認軟腐病原，植體真菌軟腐分子檢測之檢出率可達100%，軟腐細菌為90% ，而分離到病原之土壤其軟腐細菌檢出率達100%，應用於種植前芋田土壤之病原監測，可作為耕地事前消毒與改善之依據，配合健康種苗將降低整體生產環境之病原密度，有助於減少農藥使用並提高產量，使國人更能安心享用芋頭的優質澱粉及蛋白質。